Родилась в Ленинграде, с детства проявляла особый интерес и любовь к музыке. В семилетнем возрасте познакомилась с домрой в кружке народных инструментов под руководством Л. Г. Михриной. Спустя три года поступила в класс Г. М. Савченко Санкт-Петербургской детской школы искусств им. Г. В. Свиридова. По окончании школы продолжила музыкальное образование в Государственном музыкальном училище им. Н. А. Римского-Корсакова под руководством И. И. Шурыгиной. За время учебы Мария Гафарова выступала как солистка и участница многих коллективов Санкт-Петербурга, неоднократно становилась лауреатом международных конкурсов.
В 1998 году, обучаясь на первом курсе Санкт-Петербургской государственной консерватории им. Н. А. Римского-Корсакова в классе заслуженного артиста России, профессора А. В. Макарова, была принята в группу малых домр оркестра им. В. В. Андреева.
«Игра Великорусского оркестра производит на слушателя чарующее впечатление. Безукоризненное по технике, гармоничное, стройное, выдержанное и полное жизни исполнение доведено Андреевым до высокой степени художественного совершенства. Новизна и мягкость музыки, замечательная сыгранность оркестра, то лихие, то протяжные мотивы чисто русских песен доставляют высокохудожественное наслаждение и будят в душе что-то необычное, но глубоко родное»